在具体的教学中，孔子以《诗》《书》《礼》《乐》《易》《春秋》作为教材。


《诗》在当时主要是用于典礼、讽谏、言语和赋诗言志等各个方面。孔子教授《诗》以“温柔敦厚”的诗教为主。


《书》即是《尚书》，是上古时代有关政治大事及言论的实录资料。孔子把它作为政治教材和历史教材来用，要求弟子们以此作为从政、行道、立身的法典依据。《论语》中记录孔子三次引《书》，都是以古喻今，讲解如何从政、行道的。


《礼》指《仪礼》，是一本专门讲解各种典礼节仪及行为规范之书。其中“士礼”占了很大部分，是当时的士阶层立身行事的具体规范。孔子既把《礼》作为文献教材进行讲解，又把《礼》作为学习礼的仪式技能的重要教材。孔子进行的礼教，重在实用。因为礼是立身处世的行动准则，所以他告诫自己的儿子孔鲤说：“不学礼，无以立。”


《乐》也是孔子教学中的一项重要教材，今已亡佚。乐教不仅指学习音乐的基本功，同时也包括学习音乐理论和审美等内容。孔子主张礼乐治国，以礼来规范制约，以乐来陶冶浸染。他是把《诗》《礼》《乐》融为一体的：“兴于诗，立于礼，成于乐。”在孔子的心目中，立志而后学诗，学诗而后知礼，知礼以后才能从音乐的启迪中自学的陶冶性情。


《易》分《经》《传》两部分。《经》的内容在孔子以前就已经有了，《传》的内容则是后儒完成的。在孔子时代，《易》是一部讲阴阳八卦的占卜之书，内容神秘庞杂，在鲁国保存得比较完整。据《史记·孔子世家》记载，“孔子晚而喜《易》”，“读《易》，韦编三绝”。孔子曾经深入研究过《易》，并吸取书中朴素的辩证法思想来教育弟子。


《春秋》成书于孔子去世前二年，是他亲自编著的。孔子以当时的《百国春秋》为蓝本，将各国“史记”中的主要大事统于一体，先作为教材用，后来才整理成现今的传本。《春秋》中包含了孔子的社会政治理论，定名分，寓褒贬，微言大义，是孔子对学生们进行政治和历史教育的重要教科书。


孔子还以“六艺”来培养弟子们的才能，包括礼、乐、射、御、书、数。